OBIS4SQL je schopen pracovat s dvěma variantami struktury adresářů. Původní stará varianta bude v budoucnu odstraněna.

obis4 (exe a dll soubory, konfigurační XML skripty)
    |
    +- doc (dokumentace)
    +- lua (systémové lua skripty)
    +- reports (systémové tiskové sestavy)
    +- vreports (uživatelské sestavy a skripty)

obis4
    |
    +- bin (exe a dll soubory) BINDIR()
    +- doc (dokumentace)
    +- etc (konfigurační ini soubory, obisrc.xml, apps.xml)
    +- firebird (knihovny, konfigurační soubory a dokumentace klienta resp. lokálního SQL serveru)
    +- system (systémové konfigurační soubory) SYSTEMDIR()
    |       |
    |       +- lua (systémové skripty) LUADIR()
    |       +- reports (systémové tiskové sestavy) REPORTSDIR()
    |
    +- user (uživatelské změny konfiguračních souborů) USERDIR()
            |
            +- lua (uživatelské skripty) VLUADIR()
            +- reports (uživatelské tiskové sestavy) VREPORTSDIR()

Nastavuje se pomocí proměnné prostředí v následující prioritou:

1. OBISHOME
2. HOME
3. HOMEDRIVE+HOMEPATH
4. C:\